Hợp tác thương mại Việt Nam – Burundi đạt từ 3-5 triệu USD trong những năm gần đây. Việt Nam chủ yếu xuất khẩu máy móc, thiết bị, dụng cụ phụ tùng, máy tính, sản phẩm linh kiện và nhập khẩu quặng, một số khoáng sản, thức ăn gia súc từ Burundi. Ngoài ra, Burundi nằm ở Đông Phi – khu vực có sức mua lớn và nhu cầu phù hợp trình độ sản xuất và khả năng cung ứng của Việt Nam. Ở chiều ngược lại, khu vực Đông Phi có thế mạnh cung cấp các nguyên liệu thô mà Việt Nam có nhu cầu như dầu thô, nông sản thô, khoáng sản, kim loại quý…